NIKK hallinnoi vuodesta 2021 alkaen LGBTI-rahastoa Pohjoismaiden ministerineuvoston nimissä. Rahaston tavoitteena on edistää pohjoismaista yhteistyötä LGBTI-alueella pohjoismaisen tasa-arvoyhteistyöohjelman ja sen painopisteiden puitteissa.
NIKK vastaanottaa LGBTI-rahastoon suunnattuja hakemuksia 1. syyskuuta – 2. lokakuuta 2023 aikana