NIKK hallinnoi kahta rahastoa Pohjoismaiden ministerineuvoston nimissä. Rahastojen tavoitteena on edistää LGBTI- ja tasa-arvoalueella tapahtuvaa pohjoismaista yhteistyötä. NIKK hallinnoi vuosien 2020-2023 aikana myös Pohjoismaiden ministerineuvoston työelämässä tapahtuvaa seksuaalista häirintää koskevaa tutkimushanketta.